Bercak Daun
Jamur Cercospora Capsici adalah penyebab utama penyakit bercak daun. Gejala penyakitnya terdapat bercak bundar berwarna abu-abu dengan pinggiran berwarna coklat pada daun. Apabila terserang parah daun akan berwarna kuning dan berguguran.
Busuk
Busuk cabang dan busuk kuncup merupakan dua jenis penyakit yang biasa menyerang tanaman cabe. Penyakit Busuk cabang terjadi akibat serangan Phytophthora capsici.
Sedangkan busuk kuncup terjadi karena serangan Choanosearum sp. Akan tetapi penyakit ini jarang terjadi di indonesia. Busuk kuncup biasanya memiliki gejala tanaman berwarna hitam dan akan mati jika setelahnya.
Pengendalian penyakit ini bisa petani lakukan dengan cara mengurangi pemupukan yang mengandung nitrogen seperti urea dan ZA. Atau dengan mengatur jarak tanaman cabe rawit agar sirkulasi udara berjalan lancar. Tanaman cabe rawit yang terinfeksi sebaiknya petani mencabutnya kemudian bakar.
Layu
Layu merupakan salah satu penyakit yang sulit petani kendalikan, karena penyebabnya adalah kebusukan jamur pada kebun.
Sedangkan penyebab penyakit layu bakteri pada tanaman cabe ialah bakteri Ralstonia solanacearum dan Pseudomonas solanacearum untuk penyebutan zaman dahulu.
Bule atau Virus Kuning
Virus kuning ini menyebabkan tanaman cabe menjadi menguning pada daun dan batangnya. Penyakit ini disebabkan oleh virus gemini yang penyebarannya melalui kutu.
Penyakit ini kebal akan semprotan cairan kimia, maka dari itu pengendalian harus sejak dini dengan cara memilih bibit unggul yang tahan serangan virus.
Untuk mengefektifkan daya tahan tanaman cabe dari serangan virus bule atau virus kuning ini bisa melakukan pemupukan secara intensif menggunakan pupuk organik cair yang mengandung zat hara makro dan mikro yang lengkap.